农村发展系以中国社会科学院农村发展研究所为依托。农村发展研究所组建于1978年，前身为中国科学院哲学社会科学学部经济研究所农业经济研究组，最初命名为农业经济研究所，1985年更名为农村发展研究所，是专门从事中国农村发展问题研究的国家级学术机构。其主要任务是以马克思主义的理论方法为基础，吸收和借鉴国内外其他各学科的理论方法，探索中国农村经济和社会发展的规律，为党和国家农村发展政策的制定提供咨询意见和建议。农村发展研究所主要承担国家、中国社会科学院、中央各部委、地方政府、企业和一些国际机构委托的各种研究课题和调查任务。目前的主要研究领域包括：农村发展理论，区域经济，土地制度，农村公共政策，县乡财政与金融，农民经济组织，现化农业与农业竞争力，食品安全，城镇化与城乡关系，农民社会保障与福利，农村公共服务与乡村治理，农产品市场与贸易，农村生态环境保护与资源利用，农村贫困和反贫困策略，农村人力资源，农村劳动力转移，农村发展规划，农村信息化，农民文化，等。农村发展研究所编辑出版两份国家级学术杂志：《中国农村经济》、《中国农村观察》，设有农村发展研究方向的博士后流动站，同时也承担着农林经济管理学科和区域经济学专业的研究生培养任务。
1978年中国社会科学院研究生院成立之初，由中国社会科学院工业经济所、农业经济所、财贸物资所联合成立现实经济系。1981年分为工业经济系、农业经济系、财贸经济系。农业经济系于2003年更名为农村发展系。
农村发展系是我国改革开放以后最早获得农业经济专业研究生招生权和硕士、博士学位授予权的单位。2000年1月，获得农林经济管理一级学科学位授予权。2016年5月，增设区域经济学专业。从1978年以来已培养毕业包括港澳台及外国留学生在内的博士研究生180人、硕士研究生167人，现有在校生52人。目前有博士生导师23名、硕士生导师22名，其中学部委员1人。现任农村发展系主任为农村发展所副所长、博士生导师杜志雄教授。
农业经济管理专业：农村发展理论与政策，农村组织与制度，资源与环境经济，农村财政，农村金融，农村发展融资，中国农村工业化与城市化，农产品市场与贸易，贫困与发展，农村人才与人力资源管理，农村产业经济，土地资源管理，生态经济学，农村社会保障，发展金融，乡村治理结构，农产品市场，农产品国际贸易，农村劳动力迁移与城市化，畜牧经济，等；
区域经济学专业：城镇化与城乡发展，乡村治理与财政，农村与区域金融，土地经济，等。
