中国社会科学院研究生院历史系成立于1978年，以中国社会科学院历史研究所为依托。
中国社会科学院历史研究所创建于1954年，原为中国科学院历史研究所第一所、第二所。1958年两所合并为中国科学院历史研究所，至1977年中国社会科学院成立后，改称为中国社会科学院历史研究所，首任所长由当时的中国科学院院长郭沫若先生兼任。
历史所目前设有先秦史、战国秦汉史、魏晋南北朝隋唐史、宋辽金元史、明史、清史、中国思想史、历史地理、中外关系史、文化史、社会史、马克思主义史学理论与史学史等12个研究室。设《中国史研究》 编辑部、图书馆。有6个非实体研究中心和6个全国性学术团体挂靠在研究所。改革开放以来，推出了一大批重要学术成果，主要的有《中国史稿》（1—7册）《清代全史》《宋代理学史》《甲骨文合集》《中国通史》（5卷本）《简明中国历史读本》等。
历史系在中国史一级学科下，设置五个二级学科，分别是中国古代史、历史文献学、历史地理、专门史、史学理论与史学史。
历史系的导师主要由所内研究人员担任，现任研究生导师70余人。系主任为历史研究所所长、博士生导师卜宪群研究员。
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